Eingesetzt werden die neuen Züge - vorwiegend als RegionalExpress - von den Werken Dresden, Erfurt, Halle, Hof, Kaiserslautern, Kassel, Kempten und Leipzig. Somit konnten auf vielen kurvenreichen und nicht elektrifizierten Strecken die Fahrzeiten im Regionalverkehr deutlich verkürzt werden.

Als die Pannenserie beim Diesel-ICE der Baureihe 605 nicht abzureißen schien, entschied die Deutsche Bahn, 17 Regio-Swinger in den Produktfarben des Fernverkehrs zu lackieren, die Inneneinrichtung dieser Züge aufzupeppen und sie auf der Strecke Nürnberg - Hof - Dresden als IC einzusetzen. Der Einsatz der nun weißen, mit verkehrsrotem Streifen verzierten Züge startete zum Fahrplanwechsel am 13.12.2003. Der Verzicht auf Anpassung der Inneneinrichtung an IC-Standard der nun als 612.4 bezeichneten Fahrzeuge sorgte jedoch für Verärgerung der Fahrgäste, mussten sie doch für einen Regionaltriebwagen mit entsprechendem Komfort IC-Fahrpreise bezahlen.

Der im August 2004 bei einem 612 in Hof festgestellte Achsanriss sorgte für die sofortige Stilllegung aller 612. Dies bedeutete auch das Aus für die Baureihe 612 im Fernverkehr, wo ab sofort wieder Wagenzüge mit einer 232 als Zuglok eingesetzt wurden. Aber auch im Regionalverkehr musste mit Wagenzügen gefahren werden, bis sich die Regio-Swinger nach und nach einer vorsorglichen Ultraschall-Achsuntersuchung unterzogen haben. Die Neigetechnik blieb jedoch ausgeschaltet. Erst ab Ende 2005 konnten die Triebwagen, die bereits modifizierte Achsen erhalten haben, wieder bogenschnell verkehren. Die 612.4 sind mittlerweile wieder verkehrsrot lackiert und werden mit ihren "normalen" Geschwisterfahrzeugen von Hof aus eingesetzt.

Die Einsatzgebiete der in Franken beheimateten Triebwagen sind hauptsächlich die nicht elektrifizierten Strecken in Nordostbayern. Allerdings legten die Hofer Regio-Swinger auch beachtliche Strecken unter Fahrdraht zurück: Die Streckenabschnitte Würzburg - Bamberg - Lichtenfels und Lichtenfels - Saalfeld wurden als RE-Züge bis Dezember 2013 im 2-Stunden-Takt befahren. Zum Fahrplanwechsel im Dezember entfielen die Leistungen Hof - Dresden, da dort jetzt elektrisch gefahren wird. Im Gegenzug kamen jedoch die Leistungen der zum 13.12.2014 abgestellten Pendolinos der Baureihe 610 hinzu.