Der Bahnhof Rothenburger Straße wurde ähnlich wie der Bahnhof Lorenzkirche bergmännisch in der Neuen Österreichischen Tunnelbauweise in zwei Einzelröhren erstellt, die durch Querschläge verbunden sind; der Startschacht lag im Südkopf in Höhe der Holzschuherstraße.
Am Nordkopf führen Fahr- und Festtreppen vom Bahnsteig bis zur Straßenebene. Von dort gelangt man über eine Treppenanlage zum darüberliegenden Bahnsteig der DB, wo in Zukunft die S-Bahn hält. Ebenerdig unter der erweiterten Eisenbahnbrücke geht es zu den nördlich angrenzenden Wohngebieten. Auf Straßenebene mündet außerdem ein Lüftungsschacht.