Zwischen März und August 1987 wurden dazu 7 Loks im ehemaligen Bundesbahn-Ausbesserungswerk München-Freimann zu S-Bahn-tauglichen Triebfahrzeugen umgebaut. Die wesentlichen Änderungen waren der Einbau der zeitmultiplexen Wendezugsteuerung, Einrichtungen für die Zugabfertigung, der Einbau von Zugzielanzeigern sowie ein Anstrich in den neuen S-Bahn-Farben lichtgrau-orange-pastellgelb. Am Schaltwerk wurden Geräuschdämmungsvorkehrungen vorgenommen.

Von den sieben Maschinen wurden fünf planmäßig benötigt. Sie wurden zwischen September 1987 und November 1992 auf der S1 eingesetzt, die nicht im S-Bahn-Dienst benötigten Loks liefen in den Nahverkehrsplänen der 141 mit. Als im November 1992 zur Eröffnung der S2 ein Mehrbedarf an Loks herrschte, entschloss man sich zum Einsatz von DR-Loks der leistunsstärkeren und auch leiseren Baureihe 143. Durch weitere 143er wurden die 141er bis Ende 1993 aus dem S-Bahn-Dienst verdrängt und gelangten die die "normalen" Umläufe.

Der größte Teil der Nürnberger 141er - in Spitzenzeiten bis zu 100 Loks - waren im Regionalverkehr im Einsatz. Daher sind weitere Informationen zur Baureihe 141 hier im Regionalbahnbereich zu finden.